@hogefuga さんへ
ありがとうございます。ご指示の通り行ったところ、設定がクリアされ、別インスタンスの読み上げが出来ました。
ちなみに二重起動はしていませんでした。
また、当該ファイルやフォルダーは変更許可にはチェックマークがついていましたが、Usersディレクリには変更許可のチェックがついていませんでした。
ディレクトリのセキュリティの設定で変更のアクセス許可にチェックを入れてconfig-clear.batを実行してみましたが、設定はクリアされませんでした。
また、config-clear.batを管理者権限で実行してみましたが、やはり設定はクリアされませんでした。
とりあえずconfig.propsをインスタンス毎にリネームし切り替えて使います。
@pii ${ユーザーホームディレクトリ}\.timeline_whisper\config\config.propsを消してください。二重に立ち上げているか、あるいはファイル権限で上書きできなくなっているのかもしれません。